Situado no início do século 21, Tiberian Sun, mais uma vez coloca a Iniciativa de Defesa Global contra a Irmandade de Nod em uma luta pelo controle do planeta. Com uma história épica que se desenrola como jogo progride, os jogadores aprendem as razões por trás do surto mundial de Tiberium eo que aconteceu com o famoso Nod líder Kane, que foi dado como morto no final do primeiro comando & Conquer.

É hora de dirigir-se a força-tarefa Firestorm. Nod experimentos têm inconscientemente lançou uma horda de pesadelos cibernéticos sobre o mundo. Como GDI e Nod lutam para salvar a si mesmos, eles percebem que a única salvação está no impensável.